Институт создан приказом Ректора МИФИ по решению Ученого Совета института в 1997г. и является межкафедральным научно-исследовательским подразделением (каф. 7, каф. 6, каф. 11, каф. 24, каф. 40). Однако, основная деятельность осуществляется на кафедре микро и космофизики (каф. 7). Деятельность института в МИФИ направлена на координацию и объединение усилий кафедр, на повышение эффективности проводимых теоретических и экспериментальных исследований космического пространства, а также на подготовку специалистов высшей квалификации для научных учреждений и промышленных предприятий, работающих в этой области.

   Основные направления научно-исследовательской работы:
°  исследование природы и состава первичного космического излучения (потоки заряженных частиц и античастиц, нейтральных частиц, гамма-излучения);
°  исследование физических процессов активного Солнца (потоки солнечных космических частиц);
°  исследование физических процессов в околоземном космическом пространстве
  (солнечно-магнитосферные связи и радиационный пояс Земли);
°  исследование в смежных областях:
   а) геомагнитосферные взаимодействия (прогноз землетрясений из Космоса);
   б) медикобиофизические исследования природы фосфенов
      (световых вспышек в глазах космонавтов);
   в) радиационно-физические исследования (дозиметрические исследования);
°  разработка и создание новых методов исследований, создание уникальных приборов для проведения исследований на автоматических космических аппаратах и орбитальных станциях. Внедрение новых методов и аппаратуры нового типа в народное хозяйство, геологию, промышленность, таможенную службу.

  Научные и прикладные исследования осуществляются в рамках:
  Программ Минобразования, Минпромнауки, Росавиакосмоса, РФФИ, Минобороны, МНТЦ, INTAS.
  В среднем в году работы проводятся по 15 различным государственным хоздоговорным контрактам, в том числе и с зарубежными организациями на сумму 10 млн. рублей и 100 тысяч американских долларов в год.
  В работах института непосредственно участвуют: до пятнадцати профессоров, доцентов, преподавателей и ассистентов, до десяти человек инженеров, лаборантов и механиков, около десяти аспирантов разных лет обучения, около пятнадцати дипломников и студентов старших курсов.

  Со времени образования института было проведено:
° пять экспериментов на орбитальной станции "МИР";
° два эксперимента на международной космической станции;
° два эксперимента на автоматических космических аппаратах "Ресурс 01" №4, "МИТА" (Италия):
  а) На основе анализа измерений, выполненных на нескольких космических аппаратах, в том числе и иностранных, впервые показано, что сейсмомагнитосферное взаимодействие приводит к высыпанию высокоэнергичных частиц из радиационного пояса за несколько часов до начала землетрясения, что может служить предвестником землетрясения.
  В настоящее время осуществляется программа создания системы прогноза землетрясений из космоса, первый этап которой эксперимент "АРИНА" на КА "РесурсДК1" позволит оценить прогностические возможности нового метода, предложенного МИФИ. Эксперимент начался 15 июля 2006 г.
  б) Впервые получены энергетические спектры изотопов водород-дейтерия и трития в диапазоне энергий 5-50 МэВ в первичном космическом излучении, в потоках солнечных космических лучей, в потоках захваченных частиц в радиационном поясе Земли. В настоящее время осуществляется проект "София" на МКС, направленный на продолжение этих исследований.
  в) Впервые показано, что одной из причин появления фосфенов - световых вспышек в глазах космонавтов во время космических полетов является прохождение ядер космического излучения через глаза космонавтов. Показано, что эти вспышки в глазах космонавтов являются объективным фактором, и возможно могут влиять на зрение во время длительных полетов.
  Был проведён новый более функциональный эксперимент "АЛЬТЕА" на международной станции.
  г) В институте Космофизики завершилась разработка и создание наземной контрольно-измерительной аппаратуры уникального магнитного спектрометра "ПАМЕЛА", создаваемого международной коллаборацией ученых России, Италии, Швеции, Германии, США в рамках российско-итальянской программы "РИМ", а также разработан и создан ряд детекторных и электронных систем, входящих в состав магнитного спектрометра.
  Прибор "ПАМЕЛА" установлен на КА "Ресурс ДК1" №1. Прецизионные измерения потоков антипротонов, позитронов, электронов, изотопов лёгких ядер начались 15 июня 2006 года.
  д) Впервые разработаны и созданы детекторы - импульсные ионизационные камеры на основе ксенона высокого давления, предназначенные для регистрации космического линейчатого гамма-излучения в предстоящем эксперименте "Интергелиос".

  Научные исследования в институте Космофизики МИФИ проводятся в сотрудничестве с учеными ФИАН им. П.Н. Лебедева, СтПФТИ им. А.Ф. Иоффе, ИКИ РАН, ИФВТ РАН, ИА РАН, а также с учеными Национального института ядерной физики (Италия), Королевского Политехнического Института (Швеция), Университета г. Зиген (Германия), Годдардского Центра Космических полетов (США), Университета г. Лас Крусес (США), Университета Васеда, г. Токио (Япония), Центра ядерных исследований SACLAY CEA (Франция). Почти с каждым из университетов имеется Договор или соглашение о совместных работах.   Сотрудниками института Космофизики опубликовано в научной печати по направлению деятельности института около ста работ, а также сделано около пятидесяти докладов на российских и международных конференциях.
  В рамках научной конференции МИФИ в 2003 г. проведен международный семинар "Ксенон высокого давления: фундаментальные исследования, детекторы и их применение". А в 2004 году в МИФИ прошла 28-я Всеросийская Конференция по Космическим Лучам, где МИФИ являлось организатором конференции.
  Специально отметим, что значительная часть учебных курсов по профилю кафедры микро и космофизики обеспечивается сотрудниками института Космофизики. Подготовлен и проводится в течение каждого семестра факультативный, практически не повторяющийся, цикл лекций "Земля и Вселенная", предназначенный для студентов всех факультетов МИФИ. К чтению лекций этого уникального курса привлекались ученые, конструктора и разработчики космической техники, космонавты, профессора МИФИ. Кроме того, заключен договор между МИФИ и Росавиакосмосом о подготовке кадров для предприятий этого ведомства.